Вся проблема заключается в том, что пересчет курса был изменен.
Сейчас курс считывается динамически с ЦБР.
За подсчет стоимости отвечает currencies-> format2.
Здесь то и происходят все изменения с ценой: умножение на курс и наценки.
Все бы ничего, только везде на сайте цена берется со знаками после запятой(потому что из базы), а при оформлении заказа откуда не понятно. Эта цена берется видимо тоже из базы, но округляется.
А отображается эта "другая-округленная" цена на странице checkout_confirmation.php.
Вот где происходит этот процесс мне не понятно.