Спасибо за ответ, тоже думали, но пока проблема найти меньше 5.5.50, плюс на обоих серверах, и исходном и конечном одна версия MySQL 5.5.50. Попробуем тем не менее протестить.
Такое ощущение что какая-то мелочь в настройках PHP, таймаут, или еще что специфичное для страницы whois online. Еще чуднее что понижении в CloudLinux на PHP 4.4 страница вдруг оживает, ведь она прекрасно работает на прежнем сервере именно с PHP 5.2.