Работаю через total commander, там стоит автоопределение. Поковырялся в настройках, вроде как он php файлы передает в текстовом режиме. А что, проблема может стоять в этом?
Конечно, может и в этом. Файлы бьются при заливке. Лучше установить на Автоопределение.
Текстовый (ASCII) — режим для передачи текстовых файлов, html-документов, php-скриптов и так далее.
Двоичный (бинарный, binary, bin) — режим для передачи картинок, исполняемых файлов, исполняемых cgi-скриптов и так далее.