я это проделал, а надпись не исчезает.... сделал через фтп клиент, стоит 644, 444 почему то не получается сделать
Значит PHP установлен не как cgi-модуль и права на файлы принадлежат root, а не пользователю виртуальной площадки. Для решения этой проблемы обратитесь к хостеру.
а какую опасность представляет из себя доступ к этому файлу?
Если файл доступен для записи, то в этот файл злоумышленник может записать всё, что угодно.