Так же php-скриптом удалять.
Скорее всего, каталог или файл был создан PHP-скриптом и имеет owner'а www-data, соответственно не подлежит удалению от вашего имени. Удалить такой каталог со всем содержимым можно скриптом примерно такого вида:
<?
$deldir = "ПУТЬ_К_ДИРЕКТОРИИ";
rmdirr($deldir);
function rmdirr($dirname)
{
if (!file_exists($dirname)) {
return false;
}
if (is_file($dirname)) {
return unlink($dirname);
}
$dir = dir($dirname);
while (false !== $entry = $dir->read()) {
if ($entry == '.' || $entry == '..') {
continue;
}
rmdirr("$dirname/$entry");
}
$dir->close();
return rmdir($dirname);
}
?>
Скрипт следует вызывать через браузер. В переменной $deldir в начале скрипта следует указать путь к удаляемой директории относительно того места, откуда вызывается скрипт. Будут удалены все файлы и подкаталоги, принадлежащие www-data.
После удаления ненужных файлов изменить расширение у скрипта, чтобы посторонние не баловались, или удалить скрипт.
П.С.
А вообще, это настройки дурацкого хостинга, где PHP работает от одного пользователя, а Apache от другого.
И получается такая каша с правами.